Λόγω της εξαιρετικής οικολογικής κατάστασης της Σαμοθράκης, το μεγαλύτερο μέρος του χερσαίου της τμήματος, καθώς και 50 km2 της παρακείμενης θαλάσσιας έκτασης έχουν συμπεριληφθεί στο Δίκτυο Natura 2000, σύμφωνα με τις Οδηγίες 92/43 ΕΕΚ για τους Οικοτόπους και 2009/147/ΕΚ για τα Άγρια Πτηνά, που σε μεγάλο βαθμό επικαλύπτονται.